文献管理を Papers2 から Mendeley に移行した

これまで文献 (論文) 管理に Papers2 を用いてきたが、やはりクロスプラットフォームなソフトで管理したい & 自分の文献 DB を web から参照したいので、これからは Mendelely で管理することにし、移行作業を行なった。繁忙期特有の逃避的作業ぽい。

作業

  • 文献情報の移行
    • Papers2 で文献データを BibTex でエクスポート
      • [File] --> [Export] --> [BibTex Library]
    • Mendeley Desktop に文献データをインポート
      • [File] --> [Import] --> [BibTex (*.bib)] で、Papers2 の吐いた BibTex ファイルを選択する。
  • PDF ファイルの移行
    • Mendeley Desktop の [File] --> [Add Folder] で Papers2 の PDF ファイルを置いてあるフォルダを指定する (デフォルトだと ~/Papers2)。
    • Mendeley が PDF ファイルをてきとうに解析してそれなりに文献情報を抽出し、先にインポートした文献とマッチしたときには自動でマージしてくれる。
    • 情報抽出がうまくいかなかったファイルの文献情報は "Needs Review" というライブラリに入れられている。
      • うちでは PDF ファイル約 900 個のうち、Needs Review 行きが約 340 件だった。
    • 抽出失敗したファイルの文献情報は、手動で修正 & 既存の文献とマージ。
      • DOI は取れている文献もある。そういう場合は、DOI で検索すると (DOI の横にある虫眼鏡アイコンをクリック) 文献情報が自動入力される。
    • PDF ファイルの管理 (指定ディレクトリへのコピーやリネーム) は、お好みに応じて [Preferences] --> [File Organizer] で設定する。

異なる PC 間での同期

Mendeley Desktop で登録した文献情報は、Mendeley のサーバと適宜同期されるので、特にすることなく PC 間で同期される (当然 web でも見れる)。文献情報に加えて、各文献の PDF ファイルを (Mendeley が提供する web space を使わずに) 同期させるには、PDF フォルダを置いてあるフォルダと Mendeley Desktop の DB を Dropbox などでまるごと共有、というのが定石ぽい *1。しかし、Mendeley が PDF ファイルをフルパスで管理しているようなので、PDF フォルダへのパスが各 PC で異なっていると、文献に関連付けられたファイルを参照できず、上述の環境まるごと同期はうまくいかない。うちだとラボ機と MacBook Pro や自宅機でユーザ名が違うので、/Users にシムリンク張ったりしないといけないし、そもそも異なる OS 間で同期させようとするとだるいことになる。

というわけで、PDF ファイルの同期はあきらめる。とりあえず PDF ファイルの管理は母艦 (ラボの Mac) でのみ行なうことにして、他の PC では Mendeley のファイル管理 ([File Organizer] --> [Organize my files]) を切っておく。PDF フォルダは別途同期しておき、PDF ファイルを見るときは各 PC のファイラから参照することにする。めんどうだが、人間可読なファイル名にしてあるし、なんとかなるでしょう。